L'histoire de la création de l'Institut Pasteur de Saint-Pétersbourg remonte à 1908, date à laquelle le premier laboratoire de sérodiagnostic et de bactériologie a été créé à Saint-Pétersbourg grâce aux efforts des scientifiques Yakov Yulievich Liberman, Petr Petrovich Maslakovets et Georgy Dmitrievich Belonovsky. En 1910, l'établissement avait déjà le statut d'Institut bactériologique et de diagnostic, et depuis 1911, celui d'Institut privé bactériologique et de diagnostic de Saint-Pétersbourg. Durant la Révolution, l'Institut a

été nationalisé et transformé en Second Laboratoire municipal. Le 4 avril 1923, ce dernier est devenu de l'Institut bactériologique et de diagnostic de Petrograd. Le 5 mai 1923, il a été rebaptisé Institut bactériologique Pasteur de Petrograd (en commémoration du centenaire de la naissance de Pasteur).

 En 1924, l'Institut s'est vu attribuer un bâtiment de deux étages au 12a rue Mira, sur le site duquel un bâtiment de laboratoire de six étages a été construit entre 1984 et 1986, où l'Institut est toujours situé aujourd'hui (14 rue Mira).

Depuis les premiers jours de son existence l’Institut a acquis tous les traits d'un établissement «pasteurien»: caractère multiprofil des études des infections, relations permanentes avec les travaux pratiques, approche intégrée dans la méthodologie, à savoir - la capacité de résoudre par ses propres moyens tous les problèmes scientifiques: depuis la détection de l'agent étiologique jusqu'à la création des vaccins et sérums.

 L'Institut a joué un rôle actif dans l'élimination des conséquences épidémiologiques de la Première Guerre mondiale et de la guerre civile. La production de vaccins adaptés à l'époque fut rapidement lancée, des campagnes de vaccination de masse contre les maladies infectieuses furent organisées et un système complet de diagnostics bactériologiques et sérologiques fut mis en place à l'institut et dans les institutions médicales et préventives de la ville.

Sur la base de l'Institut Pasteur a été crée la première dans l'histoire de la médecine russe commission pour des vaccins et des sérums qui a donné naissance à l'expertise, le contrôle et la standardisation des moyens russes du diagnostic spécifique et à la thérapie des maladies infectieuses. L'Institut a créé la première commission vaccino-sérum de l'histoire de la médecine russe. En 1929, l'Institut Jenner pour la production de débris de variole (Institut de vaccination contre la variole) et la station de lutte contre le paludisme ont été fusionnés au sein de l'Institut.

Dès la fin des années 1920 et le début des années 1930, l'Institut s'est fait un nom grâce à ses idées et développements originaux. Oskar-Heinrich Oskarovich Gartoch, responsable de la recherche microbiologique à l'Institut, fut l'un des premiers scientifiques au monde à avancer et à justifier l'idée de l'hétérogénéité des agents infectieux au sein des mêmes formes nosologiques de la maladie  Dans les années 1930, des écoles scientifiques commencèrent à émerger sous l'influence des travaux de Gartokh O.O., Kazarnovskaya S.S., Novgorodskaya E.M., Besedin G.I.  La direction de recherche virologique, dirigée par Anatoly Aleksandrovich Smorodintsev, était pleinement constituée.

Parallèlement au développement de la recherche scientifique, l'Institut a participé directement, dans les années 1930, à la mise en place du service sanitaire et épidémiologique du pays. Initialement, l'institution jouait un rôle prioritaire dans le développement des problèmes liés aux infections zoonotiques. Une station anti-peste y a fonctionné pendant plusieurs années, et en 1933, un service de typhus parasitaire a été créé, devenant une unité multidisciplinaire pour l'étude des infections focales naturelles.  Les années 1930 et 1940 ont marqué l'apogée de la recherche en immunologie.

Dès le début de la Grande Guerre Mondiale (1941-1945), restant la seule institution scientifique et pratique de la ville dans le domaine de l'épidémiologie et de la microbiologie, l'Institut est devenu le « quartier général anti-épidémique». Durant les jours difficiles de la guerre et les 900 jours du siège de Leningrad, l'Institut n'a pas interrompu ses activités un seul jour. Parallèlement à leurs travaux de lutte contre l'épidémie, les pasteuriens ont poursuivi leurs recherches scientifiques tout au long de la guerre et du siège de Leningrad. Leurs résultats ont été publiés dans des recueils spéciaux d'œuvres de médecins de Leningrad transportés hors de la ville assiégée le long de la Route de la Vie, à travers le lac Ladoga.

Depuis 1963, l’Institut participe à la mise en œuvre des programmes de l’Organisation mondiale de la santé dans des pays d’Asie, d’Afrique et d’Amérique latine (Kenya, Ouganda, Tanzanie, Somalie, Nigéria, Congo, Mongolie, Inde, Birmanie, Iran, Népal, Mozambique, Cuba, Bangladesh, Yémen, etc.).

Dans les années 1970 et 1980, l'Institut s’est positionné comme leader dans le domaine de la vaccination contre la grippe et l'initiateur et l'organisateur du programme de revaccination contre la rougeole, obtenant finalement l'inclusion de la revaccination dans le calendrier national de vaccination. Les développements scientifiques prioritaires ont été menés à bien, aboutissant à la création d'un nouveau domaine de la biotechnologie : l'immunochimie fineL'Institut était l'un des leaders du pays dans le domaine de l'étude des problèmes liés à l'étiologie des maladies infectieuses. Dans ses murs, les agents responsables de « nouvelles » infections virales et bactériennes ont été isolés et identifiés pour la première fois en URSS: la fièvre hémorragique avec syndrome rénal, la campylobactériose et l’infection à Helicobacter pylori.

En 1993, l'Institut a été admis au sein du Réseau international des Instituts Pasteur; aujourd'hui, ce réseau regroupe 33 instituts répartis sur cinq continents dans 26 pays. L'Institut collabore avec l'Institut Pasteur de Paris et les autres instituts du Réseau en microbiologie, épidémiologie, virologie et immunologie (notamment dans le cadre de programmes d'éradication et d'élimination des maladies infectieuses).

L’Institut poursuit actuellement sa collaboration active avec l’OMS: le directeur adjoint de la recherche, Vladimir Dedkov, est consultant expert auprès de l’OMS et membre du Groupe consultatif scientifique sur l’origine des agents pathogènes émergents (SAGO). L'Institut abrite deux laboratoires infranationaux accrédités par l'OMS (pour le diagnostic de la poliomyélite et pour le diagnostic de la rougeole et de la rubéole). Depuis 2004, le laboratoire des infections intestinales de l'Institut organise des formations de l'OMS sur la surveillance mondiale des maladies d'origine alimentaire (OMS GFN).

L'Institut Pasteur de recherche en épidémiologie et microbiologie de Saint-Pétersbourg entretient et développe des contacts scientifiques et des projets communs avec des pays d'Europe (France, Belgique, Italie, Serbie), d'Asie (Chine, Vietnam, Laos), d'Amérique du Sud (Venezuela) et d'Afrique (République de Guinée, Sénégal, République du Congo, République centrafricaine), ainsi qu'avec des pays amis du Caucase et d'Asie centrale.

Sur la base de l'Institut fonctionne l'une des sections les plus actives de la Société scientifique et pratique des épidémiologistes, microbiologistes et parasitologues de Russie section pour Saint-Pétersbourg et l'oblast de Léningrad.

Depuis 2011, l'Institut publie la revue scientifique «Russian Journal of Infection and Immunity», qui figure sur la liste des revues référencée par la Commission supérieure d'attestation (CAA). La revue est indexée dans les bases de données bibliographiques et de résumés multidisciplinaires Scopus et Web of Science, et figure actuellement parmi les principales revues scientifiques russes en immunologie infectieuse.

L'Institut propose des études de troisième cycle dans les spécialités suivantes : microbiologie, virologie, immunologie, épidémiologie et maladies infectieuses.

Actuellement l'Institut Pasteur de Saint-Pétersbourg mène des recherches fondamentales et appliquées dans les domaines de l'épidémiologie, de la microbiologie et de la biotechnologie afin de garantir le bien-être sanitaire et épidémiologique de la population de la Fédération de Russie. La structure de l'Institut comprend cinq départements et 20 laboratoires scientifiques, dont deux laboratoires infranationaux de l'OMS pour le diagnostic de la poliomyélite et le diagnostic de la rougeole/rubéole; des centres de référence pour la surveillance de la fièvre typhoïde et de la yersiniose; un centre scientifique et méthodologique pour la surveillance épidémiologique des hépatites virales; des centres régionaux pour la surveillance épidémiologique de la poliomyélite, de la rougeole/rubéole, de la salmonellose, des rickettsioses et le Centre du district Nord-Ouest pour la prévention et le contrôle du SIDA. L'Institut fonctionne généralement comme un centre scientifique et méthodologique de surveillance des agents pathogènes des maladies infectieuses dans le district fédéral du Nord-Ouest.

En outre, l'Institut comprend un centre de laboratoire d'essais, un centre médical, une maison d'édition et une unité de production industrielle pilote, qui produit une large gamme de médicaments de diagnostic et de milieux nutritifs sélectifs pour la culture de micro-organismes (plus de 200 articles).

L'Institut possède son propre centre médical, ce qui permet  à l'Institut de mettre rapidement en œuvre les développements scientifiques axés sur le patient dans les soins de santé pratiques et de mener des recherches diagnostiques de pointe dans les domaines de la bactériologie, de la virologie, de la vaccination et de l'immunologie clinique.

Depuis 2022, l'Institut participe au projet fédéral « Bouclier sanitaire - Sécurité sanitaire (Prévention, Détection, Réponse) », en effectuant une surveillance extraterritoriale des menaces infectieuses, une surveillance génétique de la variabilité des agents pathogènes, en développant des tests rapides pour des diagnostics en 60 minutes et en créant un catalogue électronique des micro-organismes et des biotoxines.

Depuis 2019, l'Institut figure régulièrement parmi les institutions scientifiques les plus prestigieuses du pays.

L'Institut emploie deux académiciens de l'Académie des sciences de Russie, un membre correspondant de l'Académie des sciences de Russie, dix professeurs, vingt-cinq docteurs ès sciences et cinquante-neuf candidats ès sciences.

L'Institut est activement engagé dans des développements novateurs. Au cours des cinq dernières années seulement, il a obtenu 102 brevets et 21 certificats d'enregistrement pour des outils de diagnostic.

Depuis le début de la pandémie de coronavirus, la priorité de l'Institut a été d'étudier et de combattre le SARS-CoV-2 et de prévenir d'autres maladies infectieuses. Un laboratoire de dépistage de la COVID-19 a été rapidement mis en place et a fonctionné 24 heures sur 24 et 7 jours sur 7 au plus fort de la pandémie. Un kit PCR pour la détection de l'ARN du coronavirus SARS-CoV-2 et un kit ELISA pour le dosage quantitatif des anticorps IgG humains dirigés contre la protéine N du SARS-CoV-2 ont été développés. Suite à l'obtention d'un contrat gouvernemental pour leur production, la capacité de production à grande échelle de kits de diagnostic a été rétablie.

Pour avoir développé un programme d'évaluation de l'immunité de la population face à l'infection par le nouveau coronavirus et l'avoir mis en œuvre entre 2020 et 2022 dans 26 régions de la Fédération de Russie, un groupe de scientifiques de l'Institut a reçu le plus important prix médical du pays, le « Prizvanie ». À la demande du gouvernement russe, ce programme a été mis en œuvre avec succès dans des pays amis : le Bélarus, le Kirghizistan, le Tadjikistan et l'Arménie, depuis 2021.

Essentiellement, l'Institut Pasteur de Saint-Pétersbourg est le principal institut de recherche du district fédéral du Nord-Ouest sur les questions d'épidémiologie, de microbiologie et d'immunologie.

L'Institut entretient une coopération étroite et continue avec les services sanitaires et épidémiologiques, les autorités sanitaires et le service de surveillance de la protection des consommateurs et du bien-être humain. Tout ceci constitue une base solide pour le développement et l'amélioration systématiques des activités de l'Institut Pasteur de Saint-Pétersbourg.