История образования Санкт-Петербургского НИИ эпидемиологии и микробиологии имени Пастера берёт своё начало в 1908 году, когда в Санкт-Петербурге силами учёных-микробиологов Либермана Якова Юльевича, Маслаковца Петра Петровича и Белоновского Георгия Дмитриевича при поддержке других выдающихся учёных была создана Первая серодиагностическая и бактериологическая лаборатория, в 1910 г. преобразованная в Бактериологический и Диагностический Институт.
После революции 1917 года Институт продолжал работать в статусе «Частного диагностического и бактериологического Института», а затем был национализирован и реорганизован во 2-ю Городскую бактериологическую лабораторию (позже – 2-ю Городскую лабораторию). 4 апреля 1923 года приказом Петроградского Губернского отдела здравоохранения Вторая Городская Бактериологическая лаборатория была преобразована в Петроградский Бактериологический и Диагностический Институт. На основании ходатайства Губздравотдела Президиумом Петрогубисполкома 5 мая 1923 года учреждение переименовано в Петроградский Бактериологический Институт имени Пастера (в ознаменование 100-летия со дня рождения Луи Пастера).
Со дня образования Институт приобрел все черты учреждения пастеровского типа – многопрофильность по изучаемым инфекциям, постоянную связь с практикой, комплексность в методологии, а именно, способность самостоятельно решать все научные задачи – от выделения этиологического агента до создания вакцин и сывороточных препаратов. В Институте проводились разнообразные бактериологические исследования, выпускались противодифтерийные, противостолбнячные и антименингококковые сыворотки. Для приема анализов был организован врачебный кабинет, в котором поочередно дежурили молодые врачи.
Сотрудники Института (на фото присутствуют Либерман Я.Ю., Белоновский Г.Д., Маслаковец П.П. - основатели Института), 27 сентября 1927 г.
Основными задачами Института в 1920-1930-е гг. являлось плановое изготовление бактерийных препаратов и осуществление лабораторными методами практических мероприятий в деле предупреждения и лечения болезней (главным образом заразных). Соответственно этим задачам в 1928 г. был создан эпидемиологический отдел. Таким образом, Институт выступал как бактериологическое учреждение, главным образом производственного типа, и как мощная диагностическая лаборатория, выполнявшая ежегодно десятки тысяч различных анализов.
С начала своего образования Институт принял активное участие в ликвидации эпидемиологических последствий Первой мировой и Гражданской войн. Было оперативно развернуто производство актуальных для того времени вакцин, организованы кампании массовой вакцинопрофилактики против заразных болезней, внедрена комплексная система их бактериологической и серологической диагностики на собственной базе и в лечебно-профилактических учреждениях города.
На базе Института стала работать первая в истории российской медицины вакцинно-сывороточная комиссия, положившая начало экспертизе, контролю и стандартизации национальных средств специфической диагностики, лечению и профилактике инфекционных заболеваний. Ее возглавлял академик Заболотный Даниил Кириллович.