Лаборатория молекулярно-генетического мониторинга

Лаборатория молекулярно-генетического мониторинга сформирована в феврале 2023 г. на базе группы молекулярно-генетического мониторинга (создана в апреле 2022 г.). Ранее сотрудники входили в состав лаборатории молекулярной генетики патогенных микроорганизмов.

Основные направления деятельности лаборатории

Лаборатория оснащена всем необходимым оборудованием для проведения ПЦР-исследований и расшифровки геномов патогенных микроорганизмов и вирусов. На базе лаборатории оптимизированы и поставлены методы секвенирования на платформах I, II и III поколений.

Одним из основных направлений деятельности лаборатории является контроль эпидемиологической ситуации по COVID-19 в условиях пандемии (Приказ Роспотребнадзора от 19.02.2021 №56 «О совершенствовании молекулярно-генетического мониторинга штаммов возбудителя новой коронавирусной инфекции» и МР 3.1.0272-22 «Молекулярно-генетический мониторинг штаммов возбудителя новой коронавирусной инфекции»), включающий:

непрерывный мониторинг генетических вариантов возбудителя новой коронавирусной инфекции SARS-CoV-2 на территорию СЗФО;
пополнение Российской национальной базы данных геномных последовательностей вируса SARS-CoV-2 (платформа «VGARus», Virus Genome Aggregator of Russia) геномными последовательностями вируса (на 01.04.2023 депонировано более 24 тыс. нуклеотидных последовательностей);
изучение особенностей циркуляции вируса SARS-CoV-2 на территории СЗФО.

Помимо этого, сотрудники лаборатории занимаются изучением вирусов-возбудителей природно-очаговых инфекций (клещевого энцефалита, ГЛПС, бешенства и др.), в рамках этих исследований проводится:

разработка и оптимизация подходов высокопроизводительного секвенирования вирусов-возбудителей заболеваний человека из различного биоматериала;
разработка и апробация набора реагентов для выявления возбудителей ГЛПС методом полимеразной цепной реакции с обратной транскрипцией (ОТ-ПЦР) в режиме реального времени;
разработка и апробация набора реагентов для выявления РНК вируса клещевого энцефалита методом полимеразной цепной реакции с обратной транскрипцией (ОТ-ПЦР) в режиме реального времени;
изучение превалентности и генетического разнообразия вируса клещевого энцефалита в переносчиках (клещах) и серопревалентности населения, проживающего на эндемичных территориях СЗФО;
изучение превалентности и генетического разнообразия возбудителей ГЛПС в источниках инфекции (рыжая полевка) и оценка серопревалентности к возбудителю ГЛПС среди населения СЗФО;
филогеографический и филогенетический анализ возбудителей ГЛПС, вируса клещевого энцефалита и лисавирусов;
изучение виромов летучих мышей, клещей и комаров.

Лаборатория обеспечивает нужды Института в направлении геномных исследований методами высокопроизводительного секвенирования, проводит обучение сотрудников Института методам молекулярной биологии, ПЦР-диагностики и секвенирования.

В рамках Российско-Вьетнамского сотрудничества проводится изучение арбовирусов на территории Центрального и Южного Вьетнама с использованием методов высокопроизводительного секвенирования.

Основные публикации

Gladkikh, A.; Klyuchnikova, E.; Pavlova, P.; Sbarzaglia, V.; Tsyganova, N.; Popova, M.; Arbuzova, T.; Sharova, A.; Ramsay, E.; Samoilov, A.; et al. Comparative Analysis of Library Preparation Approaches for SARS‐CoV‐2 Genome Sequencing on the Illumina MiSeq Platform.Int. J. Mol. Sci. 2023, 24, 2374. https:// doi.org/10.3390/ijms24032374.

Gladkikh, A.; Dedkov, V.; Sharova, A.; Klyuchnikova, E.; Sbarzaglia, V.; Arbuzova, T.; Forghani, M.; Ramsay, E.; Dolgova, A.; Shabalina, A.; et al. Uninvited Guest: Arrival and Dissemination of Omicron Lineage SARS-CoV-2 in St. Petersburg, Russia. Microorganisms 2022, 10, 1676. https://doi.org/ 10.3390/microorganisms10081676.

Gladkikh, A.; Dedkov, V.; Sharova, A.; Klyuchnikova, E.; Sbarzaglia, V.; Kanaeva, O.; Arbuzova, T.; Tsyganova, N.; Popova, A.; Ramsay, E.; et al. Epidemiological Features of COVID-19 in Northwest Russia in 2021. Viruses 2022, 14(5), 931.

Gladkikh, A.; Dolgova, A.; Dedkov, V.; Sbarzaglia, V.; Kanaeva, O.; Popova, A.; Totolian, A. Characterization of a Novel SARS-CoV-2 Genetic Variant with Distinct Spike Protein Mutations. Viruses 2021, 13, 1029.

Корнеенко E. В.,Самойлов А. Е.,Артюшин И. В.,Юзефович А. П.,Долотова С.М.,Ключникова Е. О.,Сбарцалья В. А.,Гладких А. С.,Дедков В. Г.,Сперанская А. С. Альфакоронавирусы из фекалий летучих мышей, пойманных на территории Москвы и Ростова-на-Дону в 2021 г. Медицинский академический журнал, 2022, 2, 203-208.

Bubnova L.,Pavlova I.,Terentieva M.,Glazanova T.,Belyaeva E.,Sidorkevich S.,Bashketova N.,Chkhingeria I.,Kozhemyakina M.,Azarov D.,Kuznetsova R.,Ramsay E. S.,Gladkikh A.,Sharova A.,Dedkov V.,Totolian A. HLA Genotypes in Patients with Infection Caused by Different Strains of SARS-CoV-2. International Journal of Environmental Research and Public Health, 2022, 19.

Korobova Z.R,Arsentieva N. A.,Liubimova N. E.,Batsunov O. K.,Dedkov V. G.,Gladkikh A. S.,Sharova A. A.,Adish Zh.,Chernykh E. I.,Kaschenko V. A.,Ratnikov V. A.,Gorelov V. P.,Stanevich O. V.,Kulikov A. N.,Pevtsov D. E.,Totolian A. A. Cytokine Profiling in Different SARS-CoV-2 Genetic Variants. International Journal of Molecular Sciences, 2022, 22, 14146.

Korobova Z. R.,Arsentieva N. A.,Liubimova N. E.,Dedkova V. G.,Gladkikh A. S.,Sharova A. A.,Chernykh E.,Kashchenko V.,Ratnikov V.,Gorelov V.,Stanevich O.,Kulikov A.,Pevtsov D.,Totolian A. A. A Comparative Study of the Plasma Chemokine Profile in COVID-19 Patients Infected with Different SARS-CoV-2 Variants. International Journal of Molecular Sciences 2022, 16,23, 9058-9058.

AA

Лаборатория молекулярно-генетического мониторинга