Лаборатория молекулярной генетики патогенных микроорганизмов - структурное подразделение Института, созданное весной 2022 г. в составе отдела эпидемиологии (до 2022 г. – группа молекулярной генетики патогенных микроорганизмов).
Долгова Анна Сергеевна - заведующая, к.б.н., старший научный сотрудник
тел.: 644-63-19, dolgova@pasteurorg.ru
Капитонова Марина Анатольевна - младший научный сотрудник
Кириченко Анастасия Дмитриевна - младший научный сотрудник
kirichenko@pasteurorg.ru
Шабалина Анна Вячеславовна - младший научный сотрудник
Шайеб Вера Абденнасеровна - младший научный сотрудник
Куклянова Вероника Валериевна - лаборант-исследователь
kuklianova@pasteurorg.ru
Ниденфюр Анна Валерьевна - лаборант-исследователь
nidenfyur@pasteurorg.ru
Оснач Вероника Андреевна - лаборант-исследователь
Долбилова Анастасия Анатолевна - лаборант-исследователь
Широбокова Светлана Алексеевна - лаборант-исследователь
Работа лаборатории ведется по следующим направлениям:
Системы для молекулярной диагностики
Разработка наборов в формате ПЦР в реальном времени для диагностики природно-очаговых и других инфекций. На данный момент готовы системы на следующие вирусы: SARS-CoV-2, Monkeypox virus (MPXV), Crimean–Congo hemorrhagic fever virus (CCHFV), Rabies virus (RABV), Measles virus (MV), Poliovirus type 2 (nOPV2), Nipah virus (NiV), Hendra virus (HeV), Bandia virus (BDAV), Kemerovo virus (KEMV), Tick-borne encephalitis virus (TBEV), Puumala (PUUV) / Dobrava-Belgrade (DOBV), Bunyamwera (BUNV)/Batai (BATV)/Ngari (NRIV) viruses. Два последних позволяют производить дифференциальную диагностику. Идет разработка тест-систем на вирусы Junín virus (JUNV), Machupo virus (MACV), Guanarito virus (GTOV), Sabia virus (SABV), Chapare virus (CHAPV), Severe Fever with Thrombocytopenia Syndrome Virus (SFTSV)
Разработка диагностических систем в формате LAMP на бактериальные инфекции Salmonella Typhi, Yersinia enterocolitica, Coxiella burnetii, Klebsiella pneumonia.
Разработка диагностики в формате ELISA Human papillomavirus (HPV), Wad Medani virus (WMV), Kemerovo virus (KEMV).
Разработка платформы детекции на основе системы CRISPR/Cas. На данный момент системы основаны на системе DETECTR. Проведен дизайн гидовых РНК для обнаружения вирусов Nipah и Hendra. Идут работы по получению рекомбинантного белка Cas12.
Разработка платформы детекции на основе дезоксирибозимов (DNAzymes). Получены работающие модели ДНКзимов для детекции вирусов Nipah и Hendra.
Синтетические бактериофаги
В лаборатории проводятся исследования по созданию синтетических бактериофагов направленных на внутрибольничные штаммы антибиотикорезистентных штаммов Klebsiella pneumonia, характерных для северо-западного региона РФ. Проводится изучение активности различных деполимераз, как известных, так и с ранее неописанными активностями. Гены ряда ферментов синтезируются de novo из олигонуклеотидов. Для сборки бактериофагов используются различные методики, такие как overlap extension (OE) PCR, Gibson, Golden Gate и др. Ведется работа по наполнению и поддержанию коллекции специфических бактериофагов.
Филогенетические исследования
В лаборатории ведется мониторинг известных и поиск новых инфекционных агентов вирусной природы, исследование и предсказание их эпидемического потенциала, в том числе разработаны критерии количественной оценки для этих целей.
Совместно с сотрудниками Института Пастера в Дакаре проводятся работы по изучению генетического разнообразия ортобуньявирусов серологической группы Bunyamwera. С помощью разработанной методики детекции Нгари/Батаи/Буньямвера была пересмотрена видовая принадлежность ряда исторических штаммов коллекции вирусов в Институте Пастера в Дакаре. В соответствии с критериями ICTV пересмотрена видовая принадлежность ряда вирусов данной группы.
С Институтом Пастера в Дакаре также проводятся исследования распространенности вирусов рода Orthonairovirus, таких как Dugbe и CCHFV. Проводится анализ генетического разнообразия данных вирусов, изучение филогенетических особенностей и территориального распространения, а также изучение молекулярных механизмов проникновения патогенов в клетку, структуры белок-белковых взаимодействий патоген-хозяин
Получение рекомбинантных белков
Одним из направлений работы лаборатории является получение рекомбинантных белков. Белки-антигены вирусных агентов используются для дальнейшей разработки диагностических наборов в формате ELISA. Также производится получение различных ферментов, компонентов диагностических наборов, таких как полимеразы и каспаза Cas12. Получение деполимераз бактериофагов для исследования их свойств также является одним из направлений.