8(812)671-04-50 – Медицинский центр
RSS лента
Отправить обращение

Санкт-Петербургский НИИ эпидемиологии
и микробиологии имени Пастера

Лаборатория молекулярной генетики патогенных микроорганизмов

Лаборатория молекулярной генетики патогенных микроорганизмов - структурное подразделение Института, созданное весной 2022 г. в составе отдела эпидемиологии (до 2022 г. – группа молекулярной генетики патогенных микроорганизмов). 

Долгова Анна Сергеевна - заведующая, к.б.н., старший научный сотрудник 

 dolgova@pasteurorg.ru

Тихонов Роман Владимирович - старший научный сотрудник, руководитель группы Прикладной хроматографии  

Капитонова Марина Анатольевна - младший научный сотрудник

Майкова Анна Сергеевна - к.б.н., научный сотрудник

Оснач Вероника Андреевна - младший научный сотрудник

Шабалина Анна Вячеславовна - младший научный сотрудник

Широбокова Светлана Алексеевна - младший научный сотрудник

Акимов Никита Олегович - младший научный сотрудник

Ниденфюр Анна Валерьевна - лаборант-исследователь

Власик Роман Анатольевич - младший научный сотрудник

Хасанов Шохрух Абдусатторович - лаборант-исследователь

Шаш Бегюм - лаборант-исследователь 

Студенты:

Гудовских Арина Александровна - СПбГУ
Смирнова Ирина Егоровна - СПХФУ

Работа лаборатории ведётся по следующим направлениям:

Системы для молекулярной диагностики

Разработка наборов в формате ПЦР в реальном времени для диагностики природно-очаговых и других инфекций. На данный момент готовы системы на следующие вирусы: SARS-CoV-2, Monkeypox virus (MPXV), Crimean–Congo hemorrhagic fever virus (CCHFV), Rabies virus (RABV), Measles virus (MV), Poliovirus type 2 (nOPV2), Nipah virus (NiV), Hendra virus (HeV), Bandia virus (BDAV), Kemerovo virus (KEMV), Tick-borne encephalitis virus (TBEV), Puumala (PUUV) / Dobrava-Belgrade (DOBV), Bunyamwera (BUNV)/Batai (BATV)/Ngari (NRIV) viruses. Два последних позволяют производить дифференциальную диагностику. Идет разработка тест-систем на вирусы Junín virus (JUNV), Machupo virus (MACV), Guanarito virus (GTOV), Sabia virus (SABV), Chapare virus (CHAPV), Severe Fever with Thrombocytopenia Syndrome Virus (SFTSV)

Разработка диагностических систем в формате LAMP на бактериальные инфекции Salmonella Typhi, Yersinia enterocolitica, Coxiella burnetii, Klebsiella pneumonia.

Разработка диагностики в формате ELISA Human papillomavirus (HPV), Wad Medani virus (WMV), Kemerovo virus (KEMV).

Разработка платформы детекции на основе системы CRISPR/Cas. На данный момент системы основаны на системе DETECTR. Проведен дизайн гидовых РНК для обнаружения вирусов Nipah и  Hendra. Идут работы по получению рекомбинантного белка Cas12.

Разработка платформы детекции на основе дезоксирибозимов (DNAzymes). Получены работающие модели ДНКзимов для детекции вирусов Nipah и Hendra.

Синтетические бактериофаги

В лаборатории проводятся исследования по созданию синтетических бактериофагов направленных на внутрибольничные штаммы антибиотикорезистентных штаммов Klebsiella pneumonia, характерных для северо-западного региона РФ. Проводится изучение активности различных деполимераз, как известных, так и с ранее неописанными активностями. Гены ряда ферментов синтезируются de novo из олигонуклеотидов. Для сборки бактериофагов используются различные методики, такие как overlap extension (OE) PCR, Gibson, Golden Gate и др. Ведется работа по наполнению и поддержанию коллекции специфических бактериофагов.

Филогенетические исследования

В лаборатории ведется мониторинг известных и поиск новых инфекционных агентов вирусной природы, исследование и предсказание их эпидемического потенциала, в том числе разработаны критерии количественной оценки для этих целей.

Совместно с сотрудниками Института Пастера в Дакаре проводятся работы по изучению генетического разнообразия ортобуньявирусов серологической группы Bunyamwera. С помощью разработанной методики детекции Нгари/Батаи/Буньямвера была пересмотрена видовая принадлежность ряда исторических штаммов коллекции вирусов в Институте Пастера в Дакаре. В соответствии с критериями ICTV пересмотрена видовая принадлежность ряда вирусов данной группы.

С Институтом Пастера в Дакаре также проводятся исследования распространенности вирусов рода Orthonairovirus, таких как Dugbe и CCHFV. Проводится анализ генетического разнообразия данных вирусов, изучение филогенетических особенностей и территориального распространения, а также изучение молекулярных механизмов проникновения патогенов в клетку, структуры белок-белковых взаимодействий патоген-хозяин

Получение рекомбинантных белков

Одним из направлений работы лаборатории является получение рекомбинантных белков. Белки-антигены вирусных агентов используются для дальнейшей разработки диагностических наборов в формате ELISA. Также производится получение различных ферментов, компонентов диагностических наборов, таких как полимеразы и каспаза Cas12. Получение деполимераз бактериофагов для исследования их свойств также является одним из направлений.

Основные публикации

    1. Goncharova, E. A., Dedkov, V. G., Dolgova, A. S., Kassirov, I. S., Safonova, M. V., Voytsekhovskaya, Y., & Totolian, A. A. (2021). One-step quantitative RT-PCR assay with armored RNA controls for detection of SARS-CoV-2. Journal of medical virology, 93(3), 1694–1701. https://doi.org/10.1002/jmv.26540
    2. Dedkov VG, Dolgova AS, Safonova MV, Samoilov AE, Belova OA, Kholodilov IS, Matsvay AD, Speranskaya AS, Khafizov K, Karganova GG. Isolation and characterization of Wad Medani virus obtained in the tuva Republic of Russia. Ticks Tick Borne Dis. 2021 Mar;12(2):101612. doi: 10.1016/j.ttbdis.2020.101612.
    3. Gladkikh A, Dolgova A, Dedkov V, Sbarzaglia V, Kanaeva O, Popova A, Totolian A. Characterization of a Novel SARS-CoV-2 Genetic Variant with Distinct Spike Protein Mutations. Viruses. 2021; 13(6):1029. https://doi.org/10.3390/v13061029
    4. Volkov A.A., Dolgova A.S., Dedkov V.G. CRISPR/Cas-based diagnostic platforms. Russian Journal of Infection and Immunity. 2022;12(1):9-20. (In Russ.) https://doi.org/10.15789/2220-7619-CCB-1843
    5. Volynkina, A., Lisitskaya, Y., Kolosov, A., Shaposhnikova, L., Pisarenko, S., Dedkov, V., Dolgova, A., Platonov, A., & Kulichenko, A. (2022). Molecular epidemiology of Crimean-Congo hemorrhagic fever virus in Russia. PloS one, 17(5), e0266177. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0266177
    6. Dolgova AS, Safonova MV, Faye O, Dedkov VG. Current View on Genetic Relationships within the Bunyamwera Serological Group. Viruses. 2022; 14(6):1135. https://doi.org/10.3390/v14061135
    7. Gladkikh A, Dedkov V, Sharova A, Klyuchnikova E, Sbarzaglia V, Arbuzova T, Forghani M, Ramsay E, Dolgova A, Shabalina A, Tsyganova N, Totolian A. Uninvited Guest: Arrival and Dissemination of Omicron Lineage SARS-CoV-2 in St. Petersburg, Russia. 2022; 10(8):1676. https://doi.org/10.3390/microorganisms10081676
    8. Safonova M.V., Simonova E.G., Lopatin A.A., et al. Development of quantitative criteria for assessing epidemic potential of the natural-focal viral infections // Russian Journal of Infection and Immunity. - 2022. - Vol. 12. - N. 4. - P. 745-754. doi: 10.15789/2220-7619-DOQ-1926
    9. Hoornstra, D., Stukolova, O. A., Karan, L. S., Sarksyan, D. S., Kolyasnikova, N. M., Markelov, M. L., Cherkashina, A. S., Dolgova, A. S., Sudina, A. E., Sokolova, M. I., Platonov, A. E., & Hovius, J. W. (2022). Development and Validation of a Protein Array for Detection of Antibodies against the Tick-Borne Pathogen Borrelia miyamotoi. Microbiology spectrum, e0203622. Advance online publication. https://doi.org/10.1128/spectrum.02036-22
    10. Kirichenko A, Bryushkova E, Dedkov V, Dolgova A. A Novel DNAzyme-Based Fluorescent Biosensor for Detection of RNA-Containing Nipah Henipavirus. Biosensors. 2023; 13(2):252. https://doi.org/10.3390/bios13020252
    11. Mhamadi M, Dieng I, Dolgova A, Touré CT, Ndiaye M, Diagne MM, Faye B, Gladkikh AS, Dedkov VG, Sall AA, Faye O, Faye O. Whole Genome Sequencing Analysis of African Orthobunyavirus Isolates Reveals Naturally Interspecies Segments Recombinations between Bunyamwera and Ngari Viruses. Viruses. 2023; 15(2):550. https://doi.org/10.3390/v15020550
    12. Gorodnichev RB, Kornienko MA, Malakhova MV, Bespiatykh DA, Manuvera VA, Selezneva OV, Veselovsky VA, Bagrov DV, Zaychikova MV, Osnach VA, Shabalina AV, Goloshchapov OV, Bespyatykh JA, Dolgova AS, Shitikov EA. Isolation and Characterization of the First Zobellviridae Family Bacteriophage Infecting Klebsiella pneumoniae. International Journal of Molecular Sciences. 2023; 24(4):4038. https://doi.org/10.3390/ijms24044038
    13. Speranskaya AS, Artiushin IV, Samoilov AE, Korneenko EV, Khabudaev KV, Ilina EN, Yusefovich AP, Safonova MV, Dolgova AS, Gladkikh AS, Dedkov VG, Daszak P. Identification and Genetic Characterization of MERS-Related Coronavirus Isolated from Nathusius’ Pipistrelle (Pipistrellus nathusii) near Zvenigorod (Moscow Region, Russia). International Journal of Environmental Research and Public Health. 2023; 20(4):3702. https://doi.org/10.3390/ijerph20043702
    14. Badji A, Ndiaye M, Gaye A, Dieng I, Ndiaye EH, Dolgova AS, Mhamadi M, Diouf B, Dia I, Dedkov VG, Faye O, Diallo M. Detection of Crimean–Congo Haemorrhagic Fever Virus from Livestock Ticks in Northern, Central and Southern Senegal in 2021. Tropical Medicine and Infectious Disease. 2023; 8(6):317. https://doi.org/10.3390/tropicalmed8060317 IF 3.711
    15. Долгова А.С., Капитонова М.А., Шабалина А., Саитова А., Полев Д., Макарова М.А., Кафтырева Л.А., Дедков В.Г. ИДЕНТИФИКАЦИЯ ДНК SALMONELLA ENTERICA SEROVAR TYPHI МЕТОДОМ ПЕТЛЕВОЙ ИЗОТЕРМИЧЕСКОЙ АМПЛИФИКАЦИИ С ФЛЮОРЕСЦЕНТНОЙ ДЕТЕКЦИЕЙ. Инфекция и иммунитет. doi: 10.15789/2220-7619-IOS-17545
    16. Ndiaye M, Badji A, Dieng I, Dolgova AS, Mhamadi M, Kirichenko AD, Gladkikh AS, Gaye A, Faye O, Alpha Sall A, Diallo M, Dedkov VG, Faye O. Molecular detection and genetic characterization of two Dugbe orthonairovirus isolates detected from ticks in Southern Senegal. Viruses. 2024; 16(6):964. https://doi.org/10.3390/v16060964
    17. Dolgova AS, Kanaeva OI, Antonov SA, Shabalina AV, Klyuchnikova EO, Sbarzaglia VA, Gladkikh AS, Ivanova OE, Kozlovskaya LI, Dedkov VG. Qualitative real-time RT-PCR assay for nOPV2 poliovirus detection, Journal of Virological Methods, 2024, 114984. https://doi.org/10.1016/j.jviromet.2024.114984.
    18. Ivanova OE, Eremeeva TP, Baykova OY, Krasota AY, Yakovchuk EV, Shustova EY, Malyshkina LP, Mustafina AN-I, Mikhailova YM, Chirova AV, et al. Detection of Polioviruses Type 2 among Migrant Children Arriving to the Russian Federation from a Country with a Registered Poliomyelitis Outbreak. Vaccines. 2024; 12(7):718. https://doi.org/10.3390/vaccines12070718