Depuis 1925 l'Institut commence à publier la Revue de Microbiologie qui, comme les Travaux de l'Institut Pasteur publiés depuis 1935, constituent la réserve d'or de la Bibliothèque. Depuis ce moment la Bibliothèque Scientifique organise des échanges des éditions périodiques avec les bibliothèques de l'Autriche, l'Algérie, l'Italie, l'Espagne, la Palestine, la Roumanie, la Tunisie, la France, le Japon etc. La bibliothèque voit l'apparition des périodiques rarissimes qui sont à la disposition, par un système de prêt entre bibliothèques, des bibliothèques scientifiques de toute la ville. La Bibliothèque Scientifique de l'Institut Pasteur est devenue membre efficace à part entière de l'Association des bibliothèques médicales de la ville de Léningrad.

Vers le début de la Seconde Guerre mondiale l'index bibliographique a été considérablement amélioré et complété, il comprenait 8137 unités bibliographiques, dont 5954 livres et revues et 2183 brochures (essentiellement des tirages à part des revues étrangères). La Bibliothèque Scientifique, ainsi que l'Institut Pasteur, n'a pas interrompu son travail pendant toute la période du siège de Léningrad. Malgré une pénurie extraordinaire de l'époque de guerre les collections de la Bibliothèque se sont enrichies de 156 livres et 85 brochures en trois ans. Toutes les éditions de référence et sa source de fierté - l'index par ordre de matières - ont été évacuées à Saratov et sont revenues à l'Institut en toute intégrité en 1944.

Dans les années après-guerre la Bibliothèque Scientifique a continué à former sa collection en œuvres en microbiologie, virologie, épidémiologie, immunologie et sciences connexes. De nouveaux index ont été formés, les anciens inventaires se sont enrichis.

A présent, l'index par ordre alphabétique et celui par ordre de matières sont constamment maintenus et renouvelés, il existe des index de revues russes et étrangères, des dossiers didactiques, des œuvres des employés de l'Institut: des aperçus analytiques, des documents de support pour les médecins etc.

La mise à jour de la collection se fait suite aux acquisitions en cours: par l'abonnement aux revues russes, des acquisitions ciblées de nouveaux ouvrages scientifiques. Les collections de la bibliothèque s'enrichissent d'une manière dynamique par de nouveaux ouvrages grâce aux dons multiples des collègues des établissements médicaux russes.

Les collections de la bibliothèque sont librement consultables. Aujourd'hui le potentiel scientifique et informatique de la bibliothèque dépasse 63 000 unités. Ce sont des éditions scientifiques en langues russe et étrangères, exposés de thèse, thèses etc. Une partie importante de la collection est consacrée aux périodiques. Plusieurs revues médicales y sont conservées en séries compètes depuis la toute première édition. Depuis 2011 les archives de la bibliothèque reçoivent régulièrement l'édition réalisée par les efforts de l'Institut - la revue Infection et Immunité.

La bibliothèque assure l'accès de ses lecteurs aux réseaux biomédicaux russes et internationaux par les ressources numériques.

En 1993 l'Institut a adhéré au Réseau International des Instituts Pasteur. Les archives de la Bibliothèque Scientifique conservent les éditions des Annales de l′Institut Pasteur à Paris, depuis 1887 et jusqu'à présent. La Bibliothèque Scientifique reçoit régulièrement les éditions de l'Institut Pasteur à Paris, et notamment: Bulletin de l’Association des Anciens Élèves de l’Institut Pasteur, Annales de l′Institut Pasteur/actualités, Rapport Annuel. Grâce à cette coopération la Bibliothèque Scientifique et l'équipe de l'Institut ont obtenu l'accès à la Médiathèque (informathèque) de l'Institut Pasteur à Paris.

La Bibliothèque reçoit régulièrement, sur les supports papier et numériques, les rapports techniques sur le travail des instituts de recherche, membres du Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP).

Dans l'objectif de la modernisation des processus bibliothécaires principaux la création du catalogue numérique est en cours.